検診のカテゴリーが3で要精密検査になり、精密検査をしたら良性なので針生検は必要ないと言われたのでしょうか。

そうであれば、精密検査をした医師の判断が良性なので、検診ではカテゴリー3だが、精密検査ではカテゴリー2だったということになります。

カテゴリー3といった医師が良性だからというのであれば、その理由をもう一度お聞きになった方がいいと思います。